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山西医科大学研究生教育工作始于1978年，是全国首批硕士学位授权单位，是全国第三批和山西省首批博士学位授权单位。现有6个一级学科博士学位授权点，2个专业学位博士授权点，10个一级学科硕士学位授权点，1个二级学科硕士学位授权点，8个硕士专业学位授权点，涵盖医学、法学和教育学3个学科门类，基本建成了以医学为主、多学科协调发展的学位授予体系。学校先后成为有权推荐优秀应届本科毕业生免试为硕士研究生工作单位、授予具有研究生毕业同等学历人员硕士学位的工作单位、临床医学专业学位教育试点单位、公共卫生硕士专业学位（mph）教育试点工作单位、高等学校教师在职攻读硕士学位招生单位，形成了博士和硕士两个层次，学术学位和专业学位两种类型，学历和非学历两种模式，开拓了校内主体办学和走出去送学历两条途径，建立起了多层次、多类型、多模式、多途径有机统一的研究生培养体系，为山西省乃至国家医卫战线输送了大批优秀高级专门人才。截至2021年12月，学校已累计招收全日制研究生23837名，其中博士研究生1273名；累计授予硕士学位19847人、博士学位723人。目前，在校全日制研究生共计6165名（其中博士研究生489名），非全日制硕士研究生35人。