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锦州医科大学研究生教育始于1979年，先与中国医科大学联合培养硕士研究生，1984年成为全国第二批拥有硕士学位授予权的高等院校之一，1999年获得具有同等学力人员申请硕士学位授予权资格，2003年经教育部批准开始与中国医科大学联合培养博士研究生。三十多年来，在上级领导的大力支持和学校党委的正确领导下，在学校各部门的支持配合下，经过全体研究生指导教师和研究生管理工作人员的辛勤努力，锦医的研究生教育工作取得长足进步，教育规模逐步扩大，教育水平不断提高。

现有基础医学、临床医学、口腔医学、药学、公共卫生与预防医学、护理学、生物学和食品科学与工程一级学科硕士学位授权点8个；二级学科硕士学位授权点59个；临床医学、药学、护理、兽医和农学专业学位授予点5个；联办博士点4个。形成以医学为主体的围绕医学各领域理学、工学、法学、哲学、农学各学科全方位协调发展的学科体系。