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哈尔滨工程大学研究生教育的历史可以追溯到哈军工时期。1955年3月，哈军工党委做出了培养研究生的决定，当年招收3名海军工程系研究生，开创了学校研究生教育历史的新纪元。

1966年，学校停止招收研究生。1978年学校被确定为全国重点大学，同年恢复研究生招生，并在舰艇结构力学等学科首批招收8名硕士研究生，成为**后第一批开展研究生教育的大学之一。1981年，学校被国务院批准为首批博士、硕士学位授权单位，船舶流体力学、水声工程2个学科获得首批博士学位授予权。1997年，学校开始招收全国第一批工程硕士研究生。当年，学校研究生总数达1759人，研究生导师257人。2002年，教育部批准学校设立研究生院，成为全国56所设有研究生院的高校之一，学校进入国家研究生培养主力军行列。2007年获准建立研究生院。2009年，学校通过工信部“研究生教育优秀工程”专家组现场评估验收并获优秀评价。目前，研究生院下设院办、招生办、培养办、学位办、学术办5个科室。

目前，哈尔滨工程大学有国家级重点学科2个，博士学位授予权一级学科15个，一级学科硕士点32个；国家重点学科一级1个、二级1个，国防特色学科10个，黑龙江省重点学科群1个。在学科门类和招生类型上，学校可在经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、管理学、艺术学等8个门类招收硕士研究生，在工学、法学、管理学等3个学科门类招收博士研究生，并可招收工程硕士、工商管理硕士（含emba）、公共管理硕士、金融硕士、工程管理、翻译硕士、法律硕士、社会工作等11种类别的专业学位硕士研究生，形成了支撑学校高层次创新人才培养的学位授权体系。

截至2021年12月，学校各类在校研究生总数为13693人，其中博士生2844人，硕士生10406人，留学研究生443人。