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工程物理系目前设有核技术及应用、技术 物理、核能科学与工程管理、安全科学与技术、医学物理与工程、近代物理6个研究所。 覆盖核科学与技术、安全科学与工程、物理学3个一级学科，其中，核科学与技术一级学科是清华大学的传统优势学科，2003、2008、2013 年连续三次在全国一级学科评估中排名第一，2017 年第四次全国一级学科评估等级为 a 。