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清华大学医学院成立于2001年10月，著名医学科学家、两院院士吴阶平先生担任首任院长，生物物理学家赵南明教授、结构生物学家施一公院士、神经科学家鲁白教授、免疫学家董晨教授先后担任常务副院长。2016年9月至2020年8月，董晨教授担任医学院院长。2020年12月，祁海教授担任医学院院长。清华大学医学院致力于培养既掌握临床技能又具备科研能力，能在医学领域从事研究、医疗服务、教学管理、技术创新的医学科学家、高级临床医生、医学教育工作者和大健康产业技术创新人才。