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首都医科大学校本部图书馆始建于1960年，藏书以生物、医药卫生类为主。2002年新馆建成馆舍总面积达13980平方米，图书馆每周自习空间开放112小时，借阅处开放84小时，实行开放式借阅服务。馆藏总量84.91万余册（件），纸质期刊杂志2280种，图书杂志藏书库8个共5649.7平方米；阅览座位1526个，自习阅览室3个共1562.2平方米，网络阅览室1个共151台计算机位，学术讨论室7个共990平方米，为师生提供了良好的阅读和学习的环境。学校附属教学医院共有图书馆面积6817平方米，馆藏书籍52.2879万余册。同时，校图书馆大力发展电子资源，中、外文学术性全文电子期刊5万余种，电子图书235万余种，形成了以医学文献为主体，包括中外文图书、期刊和报纸合订本、音像制品以及计算机文档等在内的多种类型、多种载体的综合性馆藏体系。

图书馆拥有良好的网络应用环境，可方便地接入互联网，每天24小时提供网络信息服务，师生可以在校园网上的任意客户端自由访问86种数据库资源、自行预约和续借图书。同时，图书馆还在培养医学生信息素质方面做了大量工作，如开设了《医学文献检索》课程，定期提供各类电子资源及其他资源的讲座等。图书馆还专门针对新生开设了《如何利用图书馆》的培训，目的是培养他们获取馆藏电子信息资源的能力。

图书馆还将引进与开发相结合，建设了网上选书系统、虚拟参考咨询系统、学术资源门户网站metalib/sfx、研究生学位论文库、中医古籍库与解剖资源库等特色平台和数据库，形成了较为完善的网上信息服务体系。